Der 1,85 Meter große Schauspieler debütierte 1988 gleich in zwei Movies: "Purple People Eater" und "Clara’s Heart", an der Seite von Whoopi Goldberg. Im Alter von 16 landete Neil Patrick Harris einen großen Coup, in dem er die Hauptrolle in Steven Bochco’s TV-Serie, "Doogie Howser, M.D." ergatterte und über Nacht zum Star wurde. Die Rolle spielte er von 1989 bis 1993. Seit 2005 hat er in der Comedyserie "How I Met Your Mother" als Barney Stinson eine der Hauptrollen, für die er zwischen 2007 und 2010 viermal in Folge für den Emmy in der Kategorie Outstanding Supporting Actor in a Comedy Series nominiert wurde. 2011 bekam er in der Kategorie TV seinen Stern auf dem Hollywood Walk of Fame.
Harris ist Papa von zwei Stiefzwillingen, die eine Leihmutter für ihn und seinen Lebensgefährten David Burtka 2010 zur Welt brachte.